Når Kystvakten kontrollerer at de ulike regelverk de er satt til å holde oppsyn med blir overholdt, utøver de kontrollmyndighet hvor de forvaltningsrettslige regler gjelder.
Formålet med slik kontroll er i utgangspunktet å holde tilsyn med lovlig virksomhet, å kontrollere at den utøves forsvarlig og innen rammene av det aktuelle regelverket. Kystvakten som kontrollmyndighet kan gi rådgivning, irettesettelser osv. i forhold til dette.
Ved utøvelse av kontrollmyndighet er Kystvakten underlagt lovgivningen som gjelder på det aktuelle rettsområdet. I tillegg plikter Kystvakten å følge forvaltningsloven som regulerer behandlingsmåten for virksomhet ved alle offentlige forvaltningsorganer. Videre må det være samsvar mellom vedkommende kontrollorgans forvaltningspraksis og den måten Kystvakten utøver dens myndighet på. På bakgrunn av dette inngås det samarbeidsavtaler mellom Sjef Kystvakten og forskjellige direktorat og tilsyn.
Det er et forvaltningsrettslig grunnkrav at alle beslutninger skal treffes på grunnlag av forsvarlig og betryggende saksbehandling. Kystvakten er en del av saksbehandlingen gjennom kontroll som gjøres på vegne av forskjellige myndigheter som ”eier” fagområdet (primærmyndigheter).

Kystvaktloven § 21 gir Kystvakten begrenset politimyndighet. I ”begrenset” ligger at Kystvaktens politimyndighet gjelder et stedlig (kvl § 3) og saklig virkeområde (kvl §§ 9-12).
Politimyndighet utgjør den samlede kompetanse til å gi påbud og foreta eller gjennomføre inngrep overfor publikum, om nødvendig med makt, som er særegen for politiet.
Ved utøvelsen av politimyndighet er Kystvakten underlagt de samme reglene som politiet ”så langt de passer” jf. kystvaktinstruksen § 11. Videre fremgår det av forarbeidene til kystvaktloven at Kystvakten skal utøve sin politimyndighet på samme måte og etter de samme grunnleggende prinsipper som det ordinære politiet. Dette forutsetter at utøvelsen skjer etter politilovens bestemmelser, herunder supplerende instrukser og direktiver som for eksempel politiinstruks og våpeninstruks m.m.
Ved sin politimyndighet kan Kystvakten anvende makt under tjenesteutførelsen. Med makt menes tvangsmessige fysiske inngrep mot person, fartøy eller fast innretning for å stanse ulovlig virksomhet eller for å holde ro og orden. Kystvaktens anvendelse av tvangsmessige tiltak er ikke begrenset til dem som er positivt opplistet i kystvaktloven. Kystvakten har gjennom sin politimyndighet både en rett og en plikt til å hindre et pågående straffbart forhold. I likhet med maktbruk innenfor det ordinære politiet må det aktuelle maktmidlet imidlertid være nødvendig og hensiktsmessig. Det må også være forholdsmessighet mellom maktmidlet, situasjonens alvor, tjenestehandlingens formål og omstendighetene for øvrig.

Påtalemyndigheten er den offentlige myndigheten som er ansvarlig for straffesaksbehandling, dvs; etterforske straffbare forhold, avgjøre påtalespørsmål, føre saker i retten og beordre fullbyrdelse av straff.
I likhet med politiets tjenestemenn har Kystvaktens tjenestemenn en todelt rolle ved sin politimyndighet. Å ha politimyndighet gir, for det første, adgang til å sette i gang tiltak for å opprettholde ro og orden. For det andre gir det adgang til å gjennomføre påtalemessige oppgaver som etterforskning og straffeprosessuelle tvangsmidler. Under utførelsen av slike påtalemessige oppgaver er politiets og Kystvaktens tjenestemenn underlagt påtalemyndigheten. Dette betyr at det er tjenestemennene som igangsetter og utfører etterforskingen og de straffeprosessuelle tvangsmidlene, mens ansvaret for at dette skjer i samsvar med lov og instruks hører under påtalemyndigheten. Påtalemyndigheten har således det overordnede ansvaret og kan i den enkelte sak gi direktiver.
Ved etterforskning og anvendelse av straffeprosessuelle tvangsmidler gjelder straffeprosessloven, påtaleinstruksen og Riksadvokatens rundskriv.